Название району дала старая Можайская дорога, которая проходит по его территории. В начале 17 века в этой местности существовала деревня Манухино (Оксеново), владельцем которой был Ларион Сумин. В 1627 году деревня уже принадлежала братьям Пушкиным. Один из них, Петр Тимофеевич, приходился дальним предком Александру Сергеевичу Пушкину.
В 1673 году деревня Манухино, она же Оксеново, была приобретена Артамоном Сергеевичем Матвеевым, который был видным политическим деятелем 17 века, приближенным лицом царя Алексея Михайловича Романова. Новый хозяин сразу же начал благоустраивать свое загородное имение, чтобы сделать его достойным приема государя. В 1680 году Артамон Матвеев построил в Манухине Спасскую церковь, по которой село стали называть Спасским-Манухиным. Внутренняя отделка церкви была очень богатой, ее украшали иконы, написанные Симоном Ушаковым – известным в то время иконописцем.
После смерти царя Алексея Михайловича в 1676 году к власти пришли Милославские, и Матвеева отправили в ссылку. В 1678 году все его владения конфисковали, а Спасское вошло в состав дворцовых вотчин.
В 1682 году Матвееву позволили вернуться из ссылки, но почти сразу же после его возвращения разгорелся Стрелецкий бунт, в ходе которого он был жестоко убит. В 1683 году вышел царский указ, согласно которому Спасское-Манухино возвращалось сыну А.С. Матвеева — Андрею Артамоновичу. В 1704 году в селе имелся двор вотчинника, приказчика, а также по три двора конюхов и дворовых людей, один двор садовника. В общей сложности здесь проживало 28 человек. Андрей Артамонович был не слишком хорошим хозяином, и после его смерти его сын Федор Андреевич был вынужден заложить село графу Павлу Ивановичу Ягужинскому. Это случилось в 1735 году. Выкупить Спасское обратно Федор Матвеев не смог, и около сорока лет оно принадлежало Ягужинским.
В 1779 году село приобрел Александр Сергеевич Гурьев. В этот период имение уже называли Спасским-на-Сетуни, которое затем трансформировалось в Сетунь. Сын Александра Сергеевича, Дмитрий Александрович Гурьев, вырос в Сетуни, и впоследствии стал известен, как автор рецепта знаменитой "гурьевской каши".
Вскоре после смерти отца Дмитрий Гурьев продал Спасское-на-Сетуни купцу первой гильдии Григорию Кирьякову. Новый хозяин выстроил в имении новый одноэтажный деревянный особняк и обновил убранство местной церкви. С 1830-х годов владельцы усадьбы часто менялись, пока в конце 19 века ее купил Франц Реддавей.
После проведения крестьянской реформы 1861 года в этой местности одно за другим стали появляться промышленные предприятия. После того как в 1872 году вблизи села прошла Александровская (Белорусская) железная дорога, их число особенно увеличилось. Вблизи железнодорожного полотна возникли выселки из Спасского-на-Сетуни, которые со временем выросли в самостоятельные деревни Большая и Малая Сетунь. Среди самых крупных предприятий были: шерстоткацкая мануфактура Софии Саксэ, ковровая мануфактура Ивана Пешкова, суконно-ткацкая Николая Шульца, пистонный завод Русско-Бельгийского общества и прочие. Самым масштабных из них являлась фабрика по производству брезента и ремней Франца Реддавея.
После того, как Реддавей приобрел Сетунь, населенный пункт стал приобретать промышленные черты. Владелец села и фабрики открыл здесь Сетуньскую лечебницу, коммерческое училище, публичную библиотеку. В штате больницы числились три врача, две акушерки и трое фельдшеров. Наряду с амбулаторным приемом здесь существовали 33 койки для тяжелобольных. Часть из них оплачивали владельцы соседних предприятий. Также в селе был организован музыкально-драматический кружок и начало работу потребительское общество.
Усадьба и усадебный парк располагались по соседству со Спасским храмом, а рядом с ним находилось кладбище. После того, как Сетунь вошла в состав Кунцева, его стали называть Кунцевским. В 1906 году рядом с сетуньской больницей было основано подворье Полунинской Крестовоздвиженской женской общины Рязанской губернии, известного также как монастырь Серафима Саровского. Монастырь существовал до 1929 году, а затем его закрыли. В 1919 году, когда в стране люди страдали от голода, Марина Цветаева отдала сюда свою дочь, в надежде спасти ее, но девочка не выжила.
Когда в 1925 году Московский уездный исполком принял решение об образовании города Кунцево, в его состав вошло и село Сетунь с прилегающей дачной местностью. В 1928 году в него включили и территорию, на которой располагались промышленные предприятия, такие как пистонный завод, Кунцевская фабрика камвольного треста, фабрика имени Ногина, игольная фабрика, кожевенный завод.
Уже в 1920-е годы Кунцево было электрифицировано и телефонизировано. Центр города располагался в нынешнем Можайском районе, там, где находится проезд Загорского. Перед началом Великой Отечественной войны в Кунцеве было построено несколько важных предприятий оборонного комплекса.
В 1960 году город Кунцево вошел в состав Киевского района Москвы, а в 1968 году был образован Кунцевский район. Можайский район стал отдельным административным образованием в 1995 году. Сейчас это один из самых крупных районов Западного административного округа Москвы, который занимает площадь 1085 гектаров. Помимо большого числа крупных предприятий оборонной и авиационной промышленности здесь работают научные учреждения, транспортные предприятия и прочее.
Историческая справка:
Начало 17 в. - существовала деревня Манухино (Оксеново)1627 г. - деревня принадлежала братьям Пушкиным
1673 г. - деревня Манухино, она же Оксеново, была приобретена Артамоном Сергеевичем Матвеевым
1680 г. - Артамон Матвеев построил в Манухине Спасскую церковь
1678 г. - Спасское вошло в состав дворцовых вотчин
1683 г. - вышел царский указ, согласно которому Спасское-Манухино возвращалось сыну А.С. Матвеева — Андрею Артамоновичу
1704 г. - в селе проживало 28 человек
1735 г. – Сетунь была заложена графу Павлу Ивановичу Ягужинскому
1779 г. - село приобрел Александр Сергеевич Гурьев
Конец 19 в. - Сетунь купил Франц Реддавей
1872 г. - вблизи села прошла Александровская (Белорусская) железная дорога
1925 г. – Сетунь вошла в состав города Кунцево
1920 г.г. - Кунцево было электрифицировано и телефонизировано
1960 г. - город Кунцево вошел в состав Киевского района Москвы
1995 г. - Можайский район стал отдельным административным образованием