Заселение территорий в районе Матушкино началось еще в период первобытно-общинного строя. Племена, относящиеся к льяловской культуре, жили здесь в конце ледникового периода с конца 4-начале 3 тысячелетия до Нашей Эры.
Заболоченность местных земель и прочие неблагоприятные природные условия не располагали к возникновению здесь населенного пункта. Впервые документально подтвержденная информация о существовании деревни на территории современного района Матушкино, появились в 17 веке. Хотя, существует вероятность, что деревня здесь существовала уже в 16 веке, но во время Великой Смуты была разорена, и превратилась в пустошь.
В 17 веке в этой местности располагалась небольшая деревня Матюшкино, в которой было всего три двора. Ее владельцами являлись дворяне Матюшкины, принадлежавшие к средним слоям древнего дворянства. Существует родовая легенда, рассказывающая о том, что род Матюшковых ведет свое начало от татарина Албауша, выехавшего из Орды в Новгород в 1260 году. Более заметное положение в обществе Матюшкины заняли в 18 веке. В 1853 году род Матюшкиных прервался, и фамилию передали графу М.М. Виельгорскому, который с тех пор носил двойную фамилию Матюшкин-Вильегорский. Но его род также не получил продолжения, и в дальнейшем хозяева деревни часто менялись.
Даже в 19 веке своей церкви, в виду малого числа жителей, в Матушкино не было. Местные жители относились к приходу храма Святителя Николая Мирликийского, расположенного в соседней деревне Ржавки. Основным занятием крестьян деревни Матушкино была заготовка сена.
В 1916 году в Матушкино начало работать земское училище. В первые годы после Октябрьской революции молодая власть начала активно осваивать территорию в окрестностях Матушкино. Стимулом к развитию Матушкино стало строительство в 1921-1923 годах узкоколейной железной дороги. По ней перевозили дрова и торф с речки Клязьмы в Москву, где в 20-е годы существовала острая проблема с отоплением. В это же период в Матушкино начали добывать камень для строительства дороги от станции Крюково к нынешнему Ленинградскому шоссе.
В 1929 году в Матушкино был образован колхоз Пчелка, а в 1936 году вблизи района начал функционировать аэродром ДОСААФ. Перед началом Великой Отечественной войны в деревне было 72 жилых дома, которые располагались на одной улице, проходившей параллельно Ленинградскому шоссе. Кроме того, на западе Матушкино располагалась Слободка из 11 домов.
В первые месяцы Великой Отечественной войны под деревней Матушкино ожесточенные бои с немецкими захватчиками воины вела 354 стрелковой дивизии. На непродолжительный срок деревня была захвачена, но очень быстро советские солдаты освободили ее.
В марте 1958 года Совет министров СССР принял постановление "О строительстве нового города в пригородной зоне Москвы, в районе ст. Крюково Октябрьской железной дороги". План предполагал строительство с 1959 по 1963 год нового города-спутника Москвы. Город, получивший название Зеленоград, стал крупным центром электронного машиностроения и научных исследований оборонного назначения. С этого момента Матушкино вошло в черту города. Здесь развернулось жилое строительство, и старые деревенские постройки были ликвидированы.
На территории бывшей деревни располагалась братская могила, и в 1966 году из нее были извлечены останки солдата, которые торжественно захоронили в мемориале Могила неизвестного солдата у Кремлевской стены.
Историческая справка:
17 в. – встречаются первые документальные упоминания о деревне Матушкино1916 г. - в Матушкино начало работать земское училище
1929 г. - в Матушкино был образован колхоз Пчелка
1936 г. - вблизи района начал функционировать аэродром ДОСААФ
1941 г. - под деревней Матушкино ожесточенные бои с немецкими захватчиками воины вела 354 стрелковой дивизии
1959 г. – с территории Матушкино началось строительство Зеленограда
1966 г. – из братской могилы были извлечены останки солдата, торжественно захороненные у Кремлевской стены