История Академического района Москвы связана с такими старинными населенными пунктами как вотчина бояр Маховых Черемошье (Черемоши) и сельцо Шаболово, известными с 17 века.
В 18 веке владельцем имения Шаболово был князь Александр Александрович Прозоровский, старший брат фельдмаршала, главнокомандующего Москвы екатерининских времен. Отец братьев Прозоровских получил в 1721 году от Петра I имение Зюзино, и по этому факту исследователи делают вывод, что Шаболово перешло к Прозоровским либо в это же время, либо ненамного позднее.
В 1776 году в Шаболове имелась усадьба, в состав которой входил деревянный господский дом, хозяйственные службы и регулярный парк. Сама деревня находилась в удалении от главной усадьбы, а к северу от деревни располагался большой пруд.
В конце 18 века имением владели Бекетовы, которые построили здесь новый каменный особняк в стиле классицизма. Это был типичный городской дом, авторство проекта приписывают В.И. Баженову. Довольно необычная для деревенской усадьбы форма здания объяснялась тем, что его строили, используя уже существующую круглую двухэтажную ротонду. В цокольной части здания шаболовского особняка отсутствовал этаж, а со стороны двора барский дом имел более простое оформление, чем уличный фасад. Спустя некоторое время с двух сторон к зданию были пристроены одноэтажные корпуса.
В середине 19 века Шаболово принадлежало генерал-лейтенанту Николаю Александровичу Бутурлину (1801—1867), имя которого можно встретить в произведении А.С. Пушкина "Путешествие в Арзрум". При нем в 1852 году в Шаболове имелась господская усадьба, а также 28 дворов с 137 жителями.
При жизни Н.А. Бутурлин отдал Шаболово в приданое своей дочери Екатерине Николаевне (по мужу Ржевской). Затем имение перешло к ее сыну. После Октябрьской революции в селе был образован колхоз, который некоторое время назывался "Ржевским" по имени последних Шаболовских помещиков.
Фруктовый сад существовал еще в 1920 году, а барский дом снесли только в 1950-е годы, когда на месте Шаболова развернулось городское строительство. На юге Новочеремушкинской улицы сохранились остатки старого помещичьего сада.
В наши дни на месте Шаболовской усадьбы находится место пересечения Новочеремушкинской улицы и Нахимовского проспекта, а также скверик и Шаболовский пруд.
На территории Академического района сохранился Конный двор усадьбы Черемушки, принадлежавшей внуку военачальника С.А. Мешникова, знаменитого сподвижника царя Петра I. В наши дни здесь размещается Всероссийский научно-исследовательский институт гельминтологии им. К.И. Скрябина.
В 1763 году в Черемушках построили церковь Живоначальной Троицы. Этот храм был уничтожен в 1963-м году. В 2002 году в Академическом районе построили и освятили часовню храма Живоначальной Троицы, а затем заново был построен и сам храм.
Академический временный муниципальный округ Москвы был образован в 1991 году в результате административной реформы, а в 1995 году временный муниципальный округ стал районом.